根据土壤有机质提升项目实施指导意见的要求，为进一步巩固商品有机肥推广成果，引导农民科学用肥，提高耕地质量，就生产有机肥推广实施补贴政策,引导农民逐步增施有机肥，政策补贴无疑是一个重要的突破口。从2004年上海开始实施有机肥政策补贴，江苏、山东等地也陆陆续续开始实行有机肥的补贴政策。补贴政策推动了有机肥的发展。
《中华人民共和国企业所得税法》第二十七条第三款规定：企业从事符合条件的环境保护、节能节水项目的所得，可以免征、减征企业所得税。《中华人民共和国企业所得税法实施条例》第八十八条规定：企业所得税法第二十七条第（三）项所称符合条件的环境保护、节能节水项目，包括公共污水处理、公共垃圾处理、沼气综合开发利用、节能减排技术改造、海水淡化等。项目的具体条件和范围由财政、税务主管部门商有关部门制订，报批准后公布施行。企业从事前款规定的符合条件的环境保护、节能节水项目的所得，自项目取得笔生产经营收入所属纳税年度起，年至第三年免征企业所得税，第四年至第六年减半征收企业所得税（三免三减半）。实施条例第八十九条规定：依照本条例第八十八条规定享受减免税优惠的项目，在减免税期限内转让的，受让方自受让之日起，可以在剩余期限内享受规定的减免税优惠；减免税期限届满后转让的，受让方不得就该项目重复享受减免税优惠。
国家对生物有机肥行业的政策。有机肥设备，有机肥生产线，有机肥造粒机，有机肥生产设备。国家层面早在十年前就启动了以增加土壤有机质为重点的“沃土工程”，此后有机肥作为“十一五”重点扶植的肥料品种之一越来越受到的重视，近年来，“1号”文件多次提出“鼓励农民增施有机肥”。然而，目前还没有国家层面针对有机肥的补贴，化肥行业享有的能源价格、用电、铁路运输等优惠政策却把有机肥拒之门外（2006年起有机肥免受增值税），有机肥的运输价格比化肥要高一倍，只有部分省市开展了有机肥补贴。
开展有机肥补贴的是上海市，有机肥设备，有机肥生产线，有机肥造粒机，有机肥生产设备。从2004年试点统一采购1.5万吨有机肥，此后推广数量逐年增加，2009年达到16万吨，2004-2008年有机肥市场指导价为400元/吨，市财政补贴标准时250元/吨，各县区增加50-100元/吨的补贴，有关乡镇在此基础上再给予补贴，2009-2011年的补贴额度为200元/吨。江苏省2006年开始补贴，每吨由省财政补贴150元，市财政补贴50元；北京在2007年开始实施补贴政策，每吨补贴250元，山东省有机肥补贴于2008年起步，每吨补贴300元。北京有机肥示范推广主要针对种植大户和专业合作社（生态农业产业基地），正是有了补贴他们才开始大面积使用有机肥，进而带动周边小农户使用有机肥。
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