畜禽养殖业对环境的影响主要是在畜禽排泄物—粪尿、固化废弃物—病畜死尸、皮毛等及畜禽产品加工过程中产生的大量废气、废水等处置不及时或处理不当而引起的危害。
1 ，污染水体 畜禽粪便堆放不当或施入农田后粪便中的有机物及矿物质会随粪水及雨水， 通过地表径流污染湖泊、河道、水库等地表水， 或渗入土壤污染地下水。
据测定，畜禽粪便中含有氮、磷、钾、钠、镁、钙、铝、钡、铬、铜、锡、镍、铅、硫等多种元素。这些物质超过环境容量时，就会产生环境污染。尤其是氮、磷等元素可引起水体富营养化， 促进藻类和其他水生
生物等大量繁殖，消耗水中的溶解氧，使水体变黑发臭，导致水体的进一步污染。
2， 污染空气 畜禽粪便对空气的污染主要是粪便有机物厌氧分解产生的恶臭、有害气体以及携带病原微生物的粉尘。
研究表明，畜禽粪污中 20% － 30% 的氮为铵态氮，易挥发损失。铵态氮的挥发提高了雨水的 pH值。病原微生物主要是细菌和病毒。空气中大量的病原微生物易造成疫病流行， 严重影响养殖生产和经济效益，同时危害周围居民的健康。
3， 污染土壤 近年来， 由于饲料中添加的铜、锌以及各类微量元素， 农田中长期施用含有大量重金属元素的畜禽粪便， 引起了土壤中的重金属污染。
同时， 由于粪便中盐分含量较高 ( 一般为 20% ～30% ) ，长期大量施用，又会造成土壤盐渍化。另一方面，由于粪便中含磷量较高，N /P 比例不当，极易导致磷在土壤中积累而污染土壤。堆积畜禽粪便不但占用土地，而且可直接腐蚀农田，畜禽粪
便中的氮化合物在微生物作用下，可发生生化反应，结果可导致土壤硝酸盐含量增高。当畜禽粪便大量施用农田后，也可引起有机质累积，阳离子交换量增加，导致土层突然板结。
4，有害病原微生物污染 畜禽体内的微生物主要通过消化道排出体外，粪便是微生物的主要载体。患病或带病畜禽会随粪便排出多种病菌和寄生虫卵，如大肠杆菌、沙门氏菌和、病毒和马立克氏病毒，蛔虫卵和球虫卵等。
畜禽粪便中的病原微生物可以在较长时间内仍维持其感染性，如在室温条件下，马立克氏病毒可以维持 100 d，多杀性巴氏杆菌可维持 34 d， 流感病毒在 4℃ 环境条件下可维持 30 ～ 40 d， 如不及时处理，会成为危险的传染源，造成疫病传播。
5， 药物添加剂污染 为防治畜禽疾病、增强其抗病能力，畜禽饲料中通常添加抗菌素， 有的还添加汞、砷等微量元素添加剂。
目前， 养殖业中盲目追求畜禽生长速度而滥用药物添加剂的现象时有发生。许多药物添加剂随畜禽粪尿排出体外，若未经有效处理就用作肥料，不但污染环境，也会对人畜产生毒副作用。