过乙酸是一种高度杀生物的氧化剂，在有机土壤的存在下保持其功效。过乙酸去除内窥镜管道上的表面污染物（主要是蛋白质）。1988年引入了一种使用过氧乙酸对医疗，外科和牙科器械进行化学灭菌的自动化设备（例如内窥镜，）。这种微处理器控制的低温消毒方法在美G通常使用。灭菌剂，35％过乙酸和防腐剂以单剂量容器供应。在关闭盖子并启动循环之前，容器在使用时被刺破。浓缩的过乙酸在约50℃的温度下用过滤水（0.2mm）稀释**0.2％。稀释的过乙酸在机器的室内循环并通过内窥镜的通道泵送12分钟，净化外表面，管腔和附件。互换托盘可用于处理多达三个刚性内窥镜或一个柔性内窥镜。连接器适用于大多数类型的柔性内窥镜，以便通过定向流动灌注所有通道。刚性内窥镜被放置在有盖的容器内，消毒剂通过浸入循环消毒剂或通过使用通道连接器将流体引入管腔来填充管腔。通过下水道丢弃过乙酸，仪器用过滤水冲洗四次。有人担心过滤水可能不足以保持无菌状态。 有限的数据表明，低水平的细菌污染可能跟随在AER中使用过滤水，但没有关于使用过乙酸系统的AER数据发布。 清洁过滤的空气通过机器的腔室和内窥镜通道以移除多余的水。与任何灭菌过程一样，系统只能对灭菌剂可以接触的表面进行消毒。例如，当使用错误的连接器处理时，发生检查相关感染。对这些事件的调查显示，当使用不合适的通道连接器时以及当制造商提供的再处理指令与自动内窥镜清洗机的制造商之间存在不一致时，未得到充分重新处理。还示出了用于刚性管腔装置的通道连接器实现消毒的重要性。
 
制造商建议在安装时和常规使用生物监测器以确保过程的有效性。必须使用制造商的夹子将条带固定在机器的位置，因为较宽的夹具不允许灭菌剂到达下面的孢子。一名研究人员报告说，当使用合适的夹子将孢子条固定在机器内时，故障率为3％。使用设计用于监测液体化学灭菌器的蒸汽灭菌或ETO的生物监测器受到质疑的原因有几个，其中包括可能导致较少有效监测的滤纸条上的孢子冲洗。处理器配有电导率探头，如果在过氧乙酸溶液的新鲜容器中未检测到缓冲系统，则会自动中止循环。检测活性成分> 1500 ppm的化学监测条可用于日常使用，作为附加过程控制。