长期的应用和发展使得沸腾干燥机不论在结构或者性能方面都有很大改进，它的质量和要求也不断的提高，但即使有很多方面得到了认可，沸腾干燥机还是存在着很多问题要予以改进，比如说对进风空气的处理。
在沸腾干燥机中，热空气的采风口一般设置在辅机房中，与加热装置、消音器等辅助设备安装在一起。由于辅机房的空气净化级别往往比较低，对热空气有一定的影响，这就必须对设备本身要求有比较好的净化装置，否则没有被净化的空气会对物料产生污染，使得生产质量难以达到GMP标准的要求。
当前，国内市场上出现的大多采用的是初效过滤器-中效过滤器-蒸汽加热或电加热-高效过滤器的模式作为空气处理单元的配置。这种方式随着运行时间的不断增加，过滤器会产生堵塞或者破坏现象；但如果提早更换的话就会增加成本，推迟更换又会带来空气质量下降的风险，从而影响生产质量。
正是因为如此，才要求优化沸腾干燥机空气处理单元的配置，尽可能的减少故障的发生，保持良好的空气质量，使得沸腾干燥机能够正常稳定工作，并使得生产质量能够达标。
