1、过滤时有时会出现流动相漏液。可能的原因是滤膜放置不正确和接头有点错位，导致流动相从缝隙中漏出。
注意：操作时，应先向滤瓶内倒入少量流动相，观察是否漏液并开始过滤，若未漏液，再向滤瓶中添加流动相。
2、超声时，瓶外液体的液面应高于瓶内流动相的液面，否则流动相内的气体可能无法排出，气体仍然残留在流动相内，以致开机排气时无气泡排出。
3、开机排气结束后，应先将流动相流量调小，再关闭排气阀，否则会导致柱压瞬间升高超过压力上限，致使泵停止工作。
4、反相LC液相色谱仪冲洗柱子时，应尽量避免使用纯水流动相冲洗柱子，因为水极性强，会损害色谱柱，导致柱效下降。
5、冲洗色谱柱时，还可辅助以不同比例的混合流动相冲洗色谱柱，以冲出不同极性的残留物质，但zui后还是要用纯有机流动相冲洗色谱柱一段时间。
6、在实验过程中会出现压力超过上限或压力偏高，有可能是柱内有残留物质未被冲出，此时应用较大流速的有机流动相充分冲洗色谱柱。若条件允许，也可采用梯度洗脱的方式冲洗色谱柱。压力过高也有可能是滤头堵塞，此时可将滤头取出放到有机溶剂中超声。
7、若隔天或更长时间不使用LC液相色谱仪，应将两流动相瓶中均倒入纯的有机流动相（因为水流动相长时间不用会滋生细菌，污染滤头和色谱柱，导致下次开机使用时会出现鬼峰，基线不稳）。
8、进样时所进样品的体积应不小于色谱柱的zui大容积，且进样时注射器里的气泡一定要排出，不可将气泡打进色谱柱。
