烤漆房的通风过滤系统是主要分为三道过滤的，每一道起到的作用都是不相同，所使用的过滤棉也不相同。
一、初效过滤棉：也叫风口棉，一般可分一次性过滤棉和可清洗过滤棉，初效过滤棉主要起到初级过滤的作用，把大的尘埃粒子和颗粒挡在最外面，将新鲜的空气送入第二道过滤。烤漆房通常使用的初效过滤棉是蓝白过滤棉，迎风面为蓝色。也有用全白色的。
二、顶篷过滤棉：顶篷过滤棉是烤漆房的第二道过滤，空气经过顶篷过滤棉过滤后由送风机送入工作室内，迫使工作室内的空气形成正压，确保烤漆房内油漆味的有效排出，得到全面过滤的空气均匀扩散，形成层流状态,达到的喷涂效果。
三、漆雾过滤棉：也叫漆雾毡、蓬松毡、地棉或者地沟棉，因为它是铺在烤漆房底部格栅下的，地棉的主要作用是过滤空气中多余的漆雾，减少空气中的油漆含量和异味，减少排放到空气中的污染，漆雾过滤棉是烤漆房的道过滤。
使用烤漆房过滤棉能够有效避免家具烤漆、汽车烤漆污染，在涂装作业过程中会形成大量的漆雾、有机溶剂蒸气和粉尘等，操作人员长期接触体内能够引起慢性中毒、皮肤病等，有损健康。若将它们排放到室外则导致大气污染，有些具有光化学反应特性的溶剂在受到阳光中的紫外线照射后能形成毒性更大的物质，造成公害。
