即使样品和流动相已做过前处理，也仍难以完成避免液相色谱分析柱受到污染，因此必须对柱子行清洗。清洗应定期进行，如果在短期内分析许多样品，则以每日清洗一次为宜，至少也应一周一次，防止有太多的杂质在柱上堆积。

　　反相柱的常规洗涤办法是：分别取甲醇、、甲醇-水各20倍柱体积(既对于一根4.6mmX25cm的柱来说，通常是50-60ml，而对于9.4mm内经X50cm的柱来说，通常是500-600ml) ，使之通过柱子。

　　然后用流动相平衡(通常仍用20倍柱体积)，柱一般将恢复正常。如果选择性仍和以前不一样，则表明还有其他杂质留在柱子里，这时应考虑更加严格的清洗：先用20倍柱体积的水，再用相同体积0.05mol/L硫酸，zui后用流动相溶剂。酸洗常能洗下有机溶剂所不能洗下的剩余杂质。在低pH值下做长期(一天或更长)清洗是不适宜的，但50ml洗液以2ml/min的速度清洗25min，一般对健合相没有损害。

　　注意，强碱不能用来清洗任何微粒硅胶柱(不论是健合相还是非健合相)，因为硅胶骨架会溶解。对于严重污染的反相柱，只能采用再生的方法。

　　液相色谱分析柱的再生处理包括活化(自右向左)和净化(自左向右)两种。

　　硅胶、氧化铝和极性(正相)键合相色谱柱可以采用以下程序再生：

　　*基戊烷乙烷一三氯乙烷一乙酸乙酯一丙酮一乙醇一水采用上述溶剂依次以1ml/min的流速通过色谱柱，洗脱量约20ml。然后反方向重复上述过程。

　　反相色谱柱常用甲醇一水作流动相，有时还可能含有控制pH值的盐、酸或离子型溶剂。对硅胶或以硅胶为基质的键合(或离子交换)填料，为避免硅胶溶解，pH值不应超过8.5。再生时将25ml甲醇：水(1：1)混合液依次通过色谱柱淋洗，然后用所有的流动相平衡。