短程分子蒸馏由物料从蒸发器的顶部加入，经转子上的料液分布器将其连续均匀地分布在加热面上，随即刮膜器将料液刮成一层极薄、呈湍流状的液膜，并以螺旋状向下推进。在此过程中，从加热面上逸出的轻分子，经过短的路线和几乎未经碰撞就到内置冷凝器上冷凝成液，并沿冷凝器管流下，通过位于蒸发器底部的出料管排出；残液即重分子在加热区下的圆形通道中收集，再通过侧面的出料管中流出。
短程分子蒸馏是一种高真空的蒸馏方式，原料在短程分子蒸馏设备内被加热，被刮成薄膜，并在高真空下轻组分被蒸发并在内置冷凝器上进行冷凝。分离后的轻组分和重组分是在高真空状态下连续出料的，所以如何在高真空状态下收集合格样品或产品是关键的。
短程分子蒸馏和其他蒸馏过程一样，在实验刚开始进料时需要对系统的各项参数进行调整（如温度，压力，进料量等），系统的蒸发与冷凝还没有达到平衡，这时收集到的轻，重组分样品并不能准确代表这个温度、压力、进料量的参数，一般我们需要在这些参数稳定后的3到5分钟后才开始收集轻、重组分样品。在实验结束后，我们需要对设备进行降温，放散真空，减小进料量等一系列操作，这时收集下来的样品也需要及时被切换掉废弃不用。
如何获得清晰的馏分关系到蒸馏实验的成败与否，这对于在高真空条件下进行的分子蒸馏实验显得重要。因此在不放散真空的条件下，选择何种样品收集或出料方式成为了实验者关心的内容。
