短程分子蒸馏仪在特定的温度下运行其力越低所产生的气体分子的平均自由的程度就会越大，分子蒸馏的蒸发空间的压力低的时候其冷凝表面就会靠近蒸发的表面。从蒸发表面汽化的蒸汽分子，可以不和其它的分子进行碰撞，设备可以直接符合其冷凝表而冷凝,设备中分子蒸馏是一种特定的液,不同于传统的蒸馏依靠其沸点差来分离。
短程分子蒸馏器运行的过程中其液体混合物会沿着加热板的流动被加热，于其轻重分子的自由程度不同,所以其不同物质的分子从液面逸出后移动距离不同。要是能恰当的设置在一块冷凝板上,其轻分子符合冷凝板被冷凝排除，这样重分子达不到冷凝板沿着混合排出，这样可以在一些情况下实现其物质分离的目的。
短程分子蒸馏仪得温度越低其分子蒸馏是在远低于沸点的温度下进行操作,只要存在温度差就可以符合其分离的目的,这就是常规蒸馏和分子蒸馏的本质的区别。它的真空度比较高,其期面可以获得比较高的真空度,通常情况下分子蒸馏在低的压强下进行操作,所以物料是不易氧化受损的，物料受热时间短,在蒸馏温度下停留时间一般。
短程分子蒸馏仪在真空度控制方面，早期的控制方式采用的是开环控制方式,这种控制方法存在比较大的波动现象,随着分离物质的纯度需求持续增加，由于这种真空度控制方法的稳定性能差,很难符合比较高的纯度需求，为了解决这个问题，使得真空度稳定在某个预定值上，可以采用气体流量控制器进行反馈上的控制，通过调节进气量与出气量符合保持稳定真空度的目的。分子蒸馏实现真空度控制采闭环控制，液环真空泵与旋片式真空泵需要让真空度维持在负压的情况之下，通过串联气体流量控制器设备,充分利用气体流量控制器来保持扮子蒸馏器的真空度实现稳定效果。
