磁力搅拌器主要包括三部分：电动机、搅拌棒和搅拌密封装置。电动机是动力部分，固定在支架上，由调速器调节其转动快慢。搅拌棒与电动机相连，当接通电源后，电动机就带动搅拌棒转动而进行搅拌，搅拌密封装置是搅拌棒与反应器连接的装置，它可以使反应在密封体系中进行。搅拌的效率在很大程度上取决于搅拌棒的结构，介绍的老式搅拌棒是用粗玻璃棒制成的。根据反应器的大小、形状、瓶口的大小及反应条件的要求，选择较为合适的搅拌棒。
磁力搅拌器利用磁场的同性相斥、异性相吸的原理，使用磁场推动放置在容器中带磁性的搅拌子进行圆周运转，从而达到搅拌液体的目的，尤其适用于当反应量比较少或在反应是在密闭条件下进行的情况。磁力搅拌器的使用更为方便，可以根据具体的实验要求加热并控制样本温度，维持实验条件所需的温度条件，保证液体混合达到实验需求。但缺点是对于一些粘稠液或是有大量固体参加或生成的反应，磁力搅拌器无法顺利使用，这时就应选用机械搅拌器作为搅拌动力。
磁力搅拌器通常适用于食品、生物制药等领域。随着生物制药对搅拌器轴封的无菌性和风险控制提出了更高要求，工业用下磁力搅拌器在20世纪80年代在瑞典应运而生。下磁力搅拌器成为市场的主流，并继续朝着简洁、大扭矩、大剪切力或者极低剪切力、轴承材质安全、易于在线清洗、在线灭菌的方向发展。例如生物反应器专用的下磁力搅拌器、高剪切力均质用下磁力搅拌器等。是否能够证明搅拌器可以在线清洗和在线灭菌、轴承材质安全等成为生物制药搅拌器选型前的金标准。
磁力搅拌器的优势非常明显：
底部搅拌器-可搅拌至低液位体积!特别适合高附加值无菌产品;
无机械密封-无交叉污染及泄漏润滑油的风险;
无需挡流板-搅拌更高效，在线清洁更有效;
只需要一个喷淋球，高效的CIP和SIP，易于验证;
整体购置、维护成本低;
易于维护
搅拌器的应用可以根据使用的目的，单独使用，也可以结合使用。对特定应用而言，可以将不同的磁力搅拌器组合起来，以获得理想效果。比如，利用HS搅拌器的高剪切力形成乳剂，同时使用GMP搅拌器打破漩涡，创建罐体内的额外搅动与平衡。可以通过这种组合的方式获得不同的效果，例如漩涡控制、防止泡沫产生和增加搅动等。
