随着时间的推移，纯化水系统中微生物逐渐增多，企业需要通过利用物理或化学方法进行消毒，以清除病原微生物，确保水中的微生物符合用水要求。纯化水系统的消毒方式主要有巴氏消毒、臭氧消毒、紫外线消毒、纯蒸汽消毒以及化学消毒。其中，前三种消毒方式见。

一、巴氏消毒

巴氏消毒主要利用病原体不耐热的特点，将系统里的液体加热到合适的温度并杀灭微生物。该消毒方式主要用于在纯化水系统中活性炭、RO、EDI、储存及分配系统的消毒，是目前常用并且效果不错的消毒方式。

巴氏消毒的加热方式有两种，分别为储罐夹套加热、回路主管网上热交换器加热，通过调节加热纯化水的温度来实现控制，操作简单，检测方便，准确性较高，但是纯化水储存和分配系统需要先加热后冷却，而且消毒操作时间相对比较长，若企业车间没有工业蒸汽配置，这种消毒方式在使用上也会受到限制。

二、臭氧消毒

臭氧消毒是利用臭氧的强氧化性，通过氧化作用导致细胞溶解甚至死亡从而起到杀菌作用。目前，产生臭氧主要有两种方式，分别为放电法和水电解法。其中的水电解法以纯化水为原料产生臭氧，没有系统外部的污染，是目前业内较为认可的纯化水系统消毒方式。但因为臭氧较为活跃，容易发生分解，如若泄露对大气和人体造成伤害，在应用时对臭氧发生器和臭氧浓度检测等设备提出了较高的要求，一定程度上增加了企业的投资成本，需根据客户的成本预算以及产水水质要求来选择。

三、紫外线消毒

紫外线消毒是利用紫外线来抑制微生物的繁殖而起到杀菌作用，只能杀死系统中90%的微生物菌，可以作为其他消毒方式的补充，减少系统的运行成本，但是不能代替周期性的消毒和灭菌功能。紫外线消毒多与巴氏消毒方式组合，防止系统内微生物生长过快。

四、纯蒸汽消毒

纯蒸汽消毒是利用121 ℃高温来灭杀系统中微生物，工作周期较短，灭菌效果佳，但要求系统设备耐温耐压。当应用到系统末端和低点，由于缺乏检测和控制装置时，消毒的效果并不稳定，安全性也不高。

五、化学消毒

化学消毒方式，顾名思义，通过添加化学药剂对纯化水系统管道进行清洗消毒。由于消毒费用高，验证比较麻烦，基本上不会用作纯化水系统常规的消毒方式。如果停机时间超过10天，可采用化学药剂清洗。