比较显微镜可以用一个目镜同时观察到左右两个显微镜下的标本像，从而能对它们进行宏观及微观上的比较，达到鉴定的目的。

简易比较显微镜为组合式，主要作生物比较显微镜，也可取下比较头作普遍显微镜使用。双目观察系统，减轻使用者眼睛疲劳，视野更大舒服。能左右单视场、切割视场、重叠视场观察。具有倍率校正机构，使左右系统倍率严格一致。比较显微镜是部门和其它需要比较观察部门的理想工具。

简单来说，比较显微镜就是在两个并排放置的显微镜上，通过一个视野进行观察，专用于光学显微镜像比较的显微镜。比较显微镜在结构上与其他类型显微镜相对比而言，并没有什么很特别的地方，可以说就是把两台显微镜合并在同一个镜架上，再由两个显微镜上所形成的像通过棱镜系统，从两个半圆形的光阑中投射到一个双目镜筒的两个半圆的视场内，这两个像常常可以被重合起来。
同时比较显微镜的构造和原理恰好与讨论目镜筒相反，但它们拥有的共同点就是镜筒长度的伸长都要求进行补偿。

专门用于医学的比较显微镜有很多种类，如眼科用比较显微镜，在这种仪器中，一束光通过眼球的透明部分，可用来观察眼球的“光学剖面”，从而更好地进行虹膜的移植手术。同样在在妇科中可使用一种低倍的入射照明比较显微镜，更可检查子宫内的某些特定部位，适用于子宫瘤的早期诊断。当然，在皮肤病科及其他医学领域内更有毛细管显微镜，它很好的运用落射光来研究皮肤下脉管系统，同时经过一定的处理后，皮肤下的脉管系统就可以清楚地被观察到。

通常来说，在一般显微镜中形成的像与物体本身对比是倒立的，但在比较显微镜中，这种倒立像对于标本的解剖或移动等操作来说是不太方便的。为了进一步解决这个问题，所有的比较显微镜都装置了一套倒转棱镜，巧妙的使其形成的倒立像再次倒转成一个正立像。当然，这种像的倒转是不适宜用于一般光学显微镜的，而且可能会导致光能的损失和成像质量的降低。
同时，这种显微镜适用于用不同染色方法染色的相同材料的显微切片的系统比较，以便更好地发现组织或细胞中的特殊结构或特异变化。