科学施肥指导意见是测土配方施肥技术专家组在发布的三大粮食作物区域大配方与施肥建议的基础上，根据秋冬季主要农作物需肥特点，以测土配方施肥项目成果为主要依据研究制定的。它针对华北平原灌溉冬小麦区、华北雨养冬麦区、长江中下游冬小麦区、西北雨养旱作冬小麦区、长江流域冬油菜以及苹果、柑橘、梨、桃、香蕉、荔枝、茶树、蔬菜、马铃薯等秋冬季主要作物分类提出了施肥原则，并结合不同区域的土壤特点、不同作物的种植模式和目标产量，分区域、分品种提出了相应的施肥数量、比例及注意事项。

测土配方施肥技术专家组建议，各地要围绕“促增产、提效率、保安全”三大目标，本着“增产施肥、经济施肥、环保施肥”相统一的理念，因地制宜确定本区域主要作物经济合理施肥量，优化肥料养分配比，选择适宜施肥时期，改进施肥方式方法，保障作物稳产高产，提高肥料利用效率。同时，要坚持科学施肥与培肥地力相结合，鼓励增施有机肥料，推广秸秆还田，种植和利用绿肥，改良土壤和培肥地力，提高土壤综合产出能力。