经同意，，于1979年决定，以原中国农科院生物研究所农业环保研究室为根底，在天津市扩建成由部直属的农业环境保护科研监测的专业研究机构。农业环境监测站在对农业环境监测过程中有着十分重要的效果。

该所当时首要承担和环境保护小组单位等部门交给的有关农业环境保护方面的科研和监测使命;设有水土污染与防治研究室，农药污染与防治研究室，大气污染与防治研究室，畜(禽)污染与防治研究室(毒理室)，农业环境监测室及科研情报和仪器等室(组)。

几年来该所先后曾掌管和参加了中国的污灌普查，农业环境质量评价，农田灌溉水质标淮，‘农用污泥规范，鸡饲料卫生规范，农业环境背景值查询，以及大气污染防治和农药残留方面的科研使命。往后将跟着农业环境监测站中国农业环境保护工作的开展和的科研规划，还将逐步增加有关农业环境生态和农业环境经济与管理等方面的研究室(组)，并与各省、市、自治区树立的农业环境保护监测站一同，构成中国的农业环境监测网络。