在海水中存在很多浮游生物和悬浮物，所以在水处理过程中如果直接从海水表层取水，这些由浮游生物和悬浮物组成的杂质易给水的预处理带来困难。相对来说比较理想的引水体系是在海岸附近钻井，从海水井中取水。通过地下地层过滤，海水已得到了很好的机械净化。从海水井得到的进水悬浮物和有机物含量相对较少，溶解氧浓度低（溶解氧会使膜受到损伤，并增加设备的腐蚀），因为海水井中的水生物活性低，季节变化对水温的影响小。这样就大大减少了对预处理的要求。

海水反渗透（RO）除盐进水的杂质所引起的问题及预处理方法综合列于下表中。

用于海水及苦咸水除盐的预处理方法

①SHMP为六聚偏磷酸钠；

②间歇式加入是指每8H以5～10mg/L浓度投氯15min，连续加入是指连续投入氯，使进水中氯浓度保持0.5～2mg/L；

③在大多数情况下加入CuSO4·5H2O<0.5mg/L就够了；

④余氯浓度为1mg/L，投加1.5～6mg/L亚硫酸氯钠与之反应。近年用微滤（MF）、超滤（UF）作为RO除盐进水预处理的研究和应用已有很多案例，以MF作为海水淡化的预处理与常规表面水处理相比，在经济上具有很强的竞争能力。