在水处理中水的消毒方法可分化学的和物理的两种。物理消毒方式主要有加热法、紫外线法、超声波法等。化学消毒方式主要有加氯法、臭氧法、重金属离子法以及其他氧化剂法等。其中以加氯消毒法使用普遍和常见，因为氯的消毒能力强，价格实惠，设备相对简单，余氯测定也方便，加量调节也相对方便，众多优点以及与一身而得到广泛应用。加氯法，除使用氯气之外，还有氯的化合物，如次氯酸钠、次氯酸钙、氯胺类以及最近国外在自来水厂中广为应用的二氧化氯———这是一种比氯的氧化性能更为强烈的氧化剂。

还有一种消毒方式，就是用非氧化型杀菌剂，如氯酚类化合物、季铵盐类化合物、二硫氰酸甲酯、盐酸十二烷基胍、有机溴化物等。早期使用的还有铜盐，如硫酸铜等杀菌剂，这些都属于化学方法消毒。

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