应用显微镜中的显微化学反应确定中药材料组织中有效成分存在的部位，依据有效部位的确定则可鉴定药材的品种及质量。显微定位的应用必须在所鉴定的中药有效成分明确的情况下，然后选择对有效成分具有特殊反应的化学试剂，使之产生颜色或结晶，用显微镜确定有效成分的存在部位。具体方法如下：将中药材软化后，切成薄片，滴加特定的化学试液，镜检，依据反应结果确定中药材品种及质量。
据报道，日本学者名越规郎通过大量的实验证明，柴胡皂苷可与99%乙醇和硫酸等量混合液呈*的黄绿色至蓝绿色，以此确定了柴胡皂苷的存在部位是在木栓层下厚角组织附近。中国产柴胡在整个皮部均有存在，但一般在厚角组织附近存在较多；商品中药北柴胡的显色部位是在木栓层以内至次生韧皮部之间。实验还证明，木栓层、导管、木纤维等木栓化或木质化的部位中均无柴胡皂苷，所以柴胡应以质地软软的为佳。