IC法分析无机和有机阴阳离子的选择性主要由选择适当的分离和检测系统来达到。与HPLC相比，IC中固定相对选择性的影响较大。虽然市场上已有数十种不同选择性的分离柱供选用，但对固定相的研究一直是IC的热点，每年匹兹堡会都有新的分离柱推出。用电导检测器时，抑制技术是很重要的，因为可能为干扰源的待测离子的反离子（如测NaCl中)Cl-时，Na+为反离子，测NH4NO3中NH4+时，NO3-为反离子）在抑制反应中将分别与H+或OH-交换，进入废液。选用溶质特性检测器以改善某些复杂样品分析的选择性，如Cl-无紫外吸收，而NO3-和NO2-有强的紫外吸收，选用紫外-可见检测器可方便地检测高Cl-中的NO2-和NO3-。柱后衍生方法的发展提高了对金属离子、多价阴离子和硫酸盐等的检测选择性。由于IC的选择性，对样品前处理的要求简单，一般只作稀释和过滤。  

进口离子色谱柱可同时分析多种离子化合物  

    与光度法、原子吸收法相比，IC的主要优点是同时检测样品中的多种成分。只需很短的时间就可得到阴、阳离子以及样品组成的全部信息。但这种同时检测的能力受样品中不同成分之间的巨大浓度差的限制。例如很难同时检测废水样品中的高浓度和低浓度成分，对这种样品的分析，进口离子色谱柱常用不同的灵敏度设置或不同的稀释程度作两次或多次进样。90年代高容量柱的研制成功较好的解决了上述部分问题，如Dionex公司的IonPacCS15型阳离子分离柱，因其树脂的修饰基团增加了内径为1.38nm的冠醚，对K+的保留很强，对K+与NH4+或Na+与NH4+的浓度比高达10000:1的样品，仍可不作前处理，直接进样同时检测。