在选购杀菌剂时通过内部试验筛选，同时进行杀菌试验，再应用于现场。选择杀菌剂一般需考虑以下因素。

（1）广谱高效

杀菌剂尽可能的可以有效控制种类更广泛的微生物和各种细菌、真菌和藻类。使用后，杀菌率应在90％以上。药效应维持24H以上。

（2）与其他化学药剂和使用条件相互兼容

杀菌剂应与缓蚀阻垢剂及其他杀菌剂匹配相容，效果不互相干扰。例如，季铵盐与阴离子表面活性剂共用时，易产生沉淀；季铵盐也不宜和氯酚类杀菌剂共同使用；当水中含氨或还原性物质时，会影响氧化性杀菌剂的效果。杀菌剂的适应pH值应与运行pH值范围相近。

（3）不危害环境

为防止排污水对环境造成伤害，应事先了解杀菌剂的毒性等级，同时结合当地环保部门的规定，允许排放的指标。对杀菌剂的降解性能也应作调查或测定。非氧化性杀菌剂投加之后，本身可被微生物分解，随时间而降低。投用非氧化性杀菌剂时，一般停止排污24H，要排污时，应达到环保要求。

（4）经济实用

杀菌剂既高效又价廉，来源方便，溶解性能好，使用安全方便。在循环冷却水系统中，杀菌剂的种类虽可随时改变，但应作一定的设计规划，选择一个较好的方案。例如采用以氯为主，辅助使用非氧化性杀菌剂的方法是经济合理的方法。单独使用非氧化性杀菌剂的费用要高出许多倍。从药品经济性这一条来说，任何非氧化性杀菌剂都不能与氯相比。因此非氧化性杀菌剂不宜长期经常使用，是非定期辅助使用。又如两种或两种以上非氧化性杀菌剂复合使用可以增效，使杀菌剂用量减少、降低费用。

（5）要注意微生物的抗药性

试验证明有的微生物会对非氧化性杀菌剂产生抗药性。所以要尽量避免长期单独使用一种非氧化性杀菌剂，用两三种杀菌剂交替使用。如果是偶尔使用非氧化性杀菌剂的情况，就不必顾虑抗药性问题。